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III Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)

Descripción

Este curso pretende sentar las bases para usar y desarrollar R de una manera autónoma y utilizar el software para manejar, manipular, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad. Se hace especial énfasis en aquellas herramientas que posibilitan ser un usuario eficiente del programa.

El taller es parte del programa de cursos de especialización del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, que extenderá un certificado de aprovechamiento del mismo para aquellos/as alumnos/as que superen los objetivos marcados.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (http://elearning.gbif.es/). Combinaremos la impartición de vídeo tutoriales donde, en vídeos muy cortos, explicaremos paso a paso, desde las primeras operaciones con el programa como la gestión de archivos, a los rudimentos del análisis estadístico, la programación para trabajar de manera eficiente o los estilos más modernos de trabajo en el entorno R.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 7 de septiembre de 2020.
  • Publicación de lista de alumnos en la página web del taller el 11 de septiembre de 2020.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los/as alumnos/as admitidos/as para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 16 de septiembre de 2020*.

*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Proceso de selección: Las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones y países interesados, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Requisitos técnicos del taller: Disponer de un ordenador con al menos 4 GB de memoria RAM. Si existen estudiantes del curso que trabajen en entornos Linux o Mac, rogamos contactar con los docentes (jano@rjb.csic.es) para facilitar las instrucciones de cómo instalar los programas R y Rstudio en sus plataformas.

Conocimientos previos: Este curso está concebido para personas sin conocimientos previos de R o con muchas lagunas. Sin embargo, puede aportar conocimientos a personas interesadas en aprender programación o escritura eficiente de código.

— evento realizado, materiales disponibles —

Programa

Módulo 0: PRESENTACIÓN DEL CURSO

  • Presentación del profesorado.
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

Módulo 1: INTRODUCCIÓN

  • Qué es R.
  • Instalación de R.
  • Instalación de R Studio.
  • Partes de R: consola y primeros comandos.
  • Funciones y objetos en R.
  • Partes de R Studio.
  • Optimización de R Studio.
  • Bajada de paquetes.
  • Otras herramientas GUI.

Módulo 2: MANEJO DE DIRECTORIOS

  • Uso de carpetas y ubicaciones.
  • Creación de ficheros y objetos.
  • Empezar con el caso de estudio.

Módulo 3: TIPOS DE OBJETOS

  • Introducción a los tipos de datos y estructuras.
  • Vectores y operaciones con vectores.
  • Matrices.
  • Marcos de datos.
  • Listas y arrays.
  • Operaciones con texto.
  • Otros tipos.

Módulo 4: MANIPULACIÓN DE OBJETOS

  • Operaciones básicas para conocer los objetos.
  • Operaciones de un tipo de dato a otro.
  • Transformación en marcos de datos.
  • Innovaciones en R (tidyverse).
  • Optimización del código mediante el tidyverse.

Módulo 5: GRÁFICOS BÁSICOS

  • Gráficos del paquete básico.
  • Otras operaciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 6: GGPLOT

  • Filosofía de ggplot.
  • Operaciones básicas de ggplot.
  • Boxplots.
  • Histogramas y densidad.
  • Scatterplots.
  • Barras, etc.
  • Trucos.
  • Leyendas, etiquetas, posiciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 7: PROGRAMACIÓN EFICIENTE

  • Introducción a la programación y justificación.
  • Bucles for.
  • Bucles while.
  • Condicionales if else.
  • Resolviendo problemas de las simulaciones.
  • Creación de funciones I.
  • Creación de funciones II.
  • Funciones de la familia apply.

Módulo 8: RECURSOS EXTERNOS

  • Ayuda de R.
  • Stack overflow.
  • GitHub.

Módulo 9: PUBLICACIÓN CON R

  • Introducción a R markdown.
  • Generación de trozos de código.
  • Operar con imágenes.
  • Operar con tablas.
  • Operar con índices.
  • Otros tipos.

Módulo 10: INTRODUCCIÓN A LA ESTADÍSTICA

  • Visión general de la estadísitca en R.
  • Primeros pasos de la estadística básica en R.
  • Distribuciones.
  • Obtención de algunos parámetros de los modelos.
  • Estadística no paramétrica.
  • Introducción a modelos más complejos.
  • Ejercicio guiado.

#tallerRonline2020

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Documentos de Interés

Vídeos con las lecciones del taller Materiales utilizados durante el taller

Listado de Participantes

  • Nº Nombre Organización
  • 1 Borja Álvarez Enríquez Red Eléctrica de España
  • 2 Inés Álvarez Fernández Real Jardín Botánico (RJB-CSIC)
  • 3 Marc Anton Recasens Institut Català d'Ornitologia (ICO)
  • 4 César Ayres Asociación Herpetológica Española (AHE-Galicia)
  • 5 Francisco José Cabrero Sañudo Universidad Complutense de Madrid
  • 6 Elena Carrió González Universidad Politécnica de Madrid
  • 7 Pilar Casanovas Francés Generalitat de Catalunya
  • 8 Iván Casañas Machín Instituto Español de Oceanografía - C.O. Tenerife
  • 9 Mariana Chávez-Andrade CIIDIR-Oaxaca (México)
  • 10 Òscar Chic Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC)
  • 11 Eduardo Cires Rodríguez Universidad de Oviedo
  • 12 Michelle Delaloye Museo de La Plata, Facultad de Ciencias Naturales y Museo (Argentina)
  • 13 Mikel Etxeberria Okariz Aranzadi Zientzia Elkartea
  • 14 Lourdes Fernández Peralta Instituto Español de Oceanografía - C.O. Málaga
  • 15 Aida Frank Comas Universitat de les Illes Balears
  • 16 Marta Gallardo Beltrán Universidad de Murcia
  • 17 Salvia García Álvarez Fundación Conde del Valle de Salazar - Universidad Politécnica de Madrid
  • 18 Manuel Ramón García Sánchez-Colomer CEDEX
  • 19 Iris Gutiérrez Martín Parques Naturales de la C. Valenciana
  • 20 Jorge Miguel Isabel Rufo Universidad de Castilla-La Mancha
  • 21 Jokin Larumbe Arricibita Gobierno de Navarra
  • 22 Gloria Martínez Sagarra Universidad de Córdoba
  • 23 Marco Antonio Mateos Cordero REDIAM. Agencia de Medio Ambiente y Agua de Andalucía. Consejería de Agricultura, Ganadería, Pesca y Desarrollo Sostenible. Junta de Andalucía
  • 24 Ingrith Yuliany Mejía Fontecha Centro de Museos de la Universidad de Caldas (Colombia)
  • 25 Sergio Montagud Alario Universitat de València
  • 26 Iris Montero Muñoz Universidad Autónoma de Madrid
  • 27 Mauro Montesinos Aracil Red Eléctrica de España
  • 28 Aaron Nebreda Trejo SEO/BirdLife
  • 29 Elkin Alexi Noguera Urbano Instituto Humboldt (Colombia)
  • 30 Belén Núñez García Universidad de Extremadura
  • 31 Patricia Orejas Aja Brinzal
  • 32 Miguel Antonio Padrón Mederos Universidad de La Laguna
  • 33 Susana Pascual López INIA
  • 34 Viviana Peña Freire Universidade da Coruña
  • 35 Juan José Pino Pérez Asociación BIGA
  • 36 Pedro Antonio Plateros Gastelum Colegio de Postgraduados (México)
  • 37 Anabela Plos GBIF Argenitna
  • 38 Víctor Manuel Sanz Trullén Gobierno de Aragón
  • 39 José María Unzurrunzaga Campoy Demarcación Costas Murcia (MITERD)
  • 40 Magdalena Vicens-Fornés Jardí Botànic de Sóller
  • 41 Daniel Vitales Serrano Instituto Botánico de Barcelona (IBB-CSIC)