Taller online GBIF.ES: Estandarización y publicación de datos de biodiversidad en GBIF y en revistas científicas

Descripción

Este taller teórico-práctico tiene como objetivo mejorar la capacidad de los participantes para preparar y publicar datos de biodiversidad utilizando como hilo conductor los procedimientos y portales de GBIF. Se abordarán aspectos relativos a la calidad, limpieza y depuración de los datos, estandarización y publicación a través de la herramienta Integrated Publishing Toolkit (IPT), así como la preparación de manuscritos para la publicación de artículos de datos (data papers).

El taller está organizado por GBIF.ES y está especialmente dirigido a investigadores/as y gestores/as ambientales que manejan datos de biodiversidad.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (https://elearning.gbif.es/). Los contenidos del curso serán una combinación de vídeos, presentaciones y casos prácticos. Se estima que el tiempo necesario para completar el curso es equivalente a 30 horas lectivas, que se podrán repartir de manera libre a lo largo de las dos semanas de duración del curso. Los participantes podrán interaccionar con los docentes y el resto de participantes a través del foro de la plataforma e-Learning.

Pasos a seguir para matricularse:

Rellenar formulario de inscripción hasta el 20 de abril de 2022.
Publicación de lista de alumnos/as en la página web del taller primera semana de mayo de 2022.
La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los alumnos admitidos para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 2 de mayo de 2022*.

*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente y la plaza pasará a la primera persona en lista de espera. Una vez se hayan confirmado todas las plazas del taller, se contactará con el resto de solicitantes comunicando la no admisión en el mismo.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

Manejo de datos potencialmente publicables en GBIF.
Capacidad de difusión de los contenidos del taller.
Adscripción a una institución/instituto que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF de la misma temática.
Aprovechamiento y desempeño en talleres en los que el alumno haya participado anteriormente.

Avisos:

En el taller se manejarán archivos .csv y .txt.
Se requerirá el uso de Microsoft Office Access.
Es recomendable tener un juego de datos propio para realizar algunos de los casos prácticos del taller.
Todos los materiales (vídeos y presentaciones) estarán disponibles para su descarga una vez concluya el taller.

Programa

MÓDULO 0: INTRODUCCIÓN

Ciencia, datos, resultados e infraestructuras - Francisco Pando (GBIF.ES)
Experiencia de publicación de datos ecológicos a largo plazo - Andrea Ros Candeira (Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada)
GBIF y la información primaria sobre biodiversidad - Cristina Villaverde

MÓDULO 1: CONCEPTOS GENERALES

Introducción a la publicación de datos de biodiversidad - Miguel Vega

Flujo general de publicación de datos de biodiversidad en los portales de GBIF - Katia Cezón (GBIF.ES)

MÓDULO 2: ESTANDARIZACIÓN Y PREPARACIÓN DE LOS DATOS PARA SU PUBLICACIÓN

Estándares - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)

Conceptos de estándares: tipos, vocabularios, fuentes
Estándar Darwin Core
Extensiones Darwin Core
Darwin Core Archive
Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit)

Caso práctico 01 - Adaptación al estándar Darwin Core

Conceptos básicos de la calidad y limpieza de datos de biodiversidad (definiciones y aspectos teóricos importantes) - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)

Herramientas útiles para la calidad y limpieza de los datos - Miguel Vega

Prácticas con herramientas para la limpieza y control de la calidad de los datos

Caso práctico 02 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Species Matching
Caso práctico 03 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Name Parser
Caso práctico 04 - Herramientas para el tratamiento de las fechas
Caso práctico 05 - Herramientas para la conversión de coordenadas
Caso práctico 06 - Herramientas para la validación de datos - Validador de datos de GBIF

MÓDULO 3: PUBLICACIÓN DE DATOS EN EL SISTEMA DE GBIF

Licencias de Uso de los Datos - Francisco Pando

Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit) como herramienta de publicación y ejemplo guiado - Katia Cezón (GBIF.ES)

Caso práctico 07 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos de ejemplo

Prácticas de publicación con juegos de datos de tipo registros de presencia, evento de muestreo y checklist.
Prácticas de publicación avanzada (mediante el uso de extensiones de información para complementar la información anterior).

Caso práctico 08 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos propios

¿Cómo se verán los datos una vez publicados? Portales de GBIF.org y datos.gbif.es - Cristina Villaverde

MÓDULO 4: PUBLICACIÓN DE ARTÍCULOS DE DATOS (“DATA PAPERS”)

Introducción a los data papers: qué son y por qué publicarlos - David Galicia (Univ. Navarra) y Nora Escribano (Univ. Navarra)

Costes asociados a la generación de un recurso - David Galicia (Univ. Navarra)
Incentivos para la publicación de datos - David Galicia (Univ. Navarra)
Objetivo y estructura de un data paper - David Galicia (Univ. Navarra)
Plataforma ARPHA - Nora Escribano (Univ. Navarra)

Caso práctico 09: Elaboración de un data paper con la herramienta online Arpha.

Evaluación del curso.

#tallerGBIFonlinePublicación

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Listado de Participantes

Nº Nombre Organización
1 Francisca Astorga Universidad Mayor
2 Neus Brañas Valcárcel Museu de Ciències Naturals de Barcelona (MCNB)
3 Iván Casañas Machín IEO-CSIC (Canarias)
4 Carlos Ciudad Trilla Tragsatec
5 Dolores Extremera Cobo Centro de Colecciones Científicas de la Universidad de Almería
6 Cristina González Montelongo Universidad de La Laguna (Herbario TFC)
7 Roser Guardia Rubies Centre de Documentació de Biodiversitat Vegetal (CeDocBiV) Universidad de Barcelona
8 Elena Guerrero Instituto de Ciencias del Mar - CSIC
9 Nuria Guillamón Díaz Navantia
10 Francisco José Iniesta García Centro de Colecciones Científica de la Universidad de Almería
11 Rafael López del Río GOBIERNO DE ARAGON
12 Maria Esmeralda López Perea EBD - CSIC
13 Teresa Malvar Ferreras Servicio de Herbario y Biobanco de ADN Vegetal Universidad de Salamanca
14 Isabel Mañeru Puig de la Bellacasa FCC Medio Ambiente
15 Francisco Javier Martínez Medina OBIMASA- Consejería de Medio Ambiente-Ciudad de Ceuta
16 Anna Nebot Escrigues Jardí Botànic Universitat València
17 Guillermo Palacios Rodríguez Universidad de Córdoba
18 Roberto Pérez Allende Universidad de Córdoba
19 Manuel Pizarro Gavilán Instituto Pirenaico de Ecología (CSIC)
20 Jorge Prieto Rubio Estación Experimental del Zaidín (Consejo Superior de Investigaciones Científicas)
21 Jesús Lumar Reyes Muñoz Universidad Juárez del Estado de Durango- Facultad de Ciencias Biológicas
22 Carlos Salazar Mendías Universidad de Jaén (Herbario JAEN)
23 Eugenio Sanchis Moreno Consejería de Medio Ambiente y Territorio - Servicio de Espacios Naturales (Islas Baleares)
24 María del Rosario Sempere Rodríguez Estación Biológica de Doñana
25 Romina Clara Spano Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de La Rioja -CRILAR- CONICET
26 Gabriel Tarifa Universidad Mayor de San Andrés
27 Julio Valeiras Mota IEO-CSIC (Cádiz)
28 José Luis Yela García Universidad de Castilla-La Mancha
29 Rosa Arribas Ramos Estación Biológica de Doñana-CSIC
30 Eva Moracho Estación Biológica de Doñana-CSIC