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IV Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)

Descripción

Este curso pretende sentar las bases para usar y desarrollar R de una manera autónoma y utilizar el software para manejar, manipular, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad. Se hace especial énfasis en aquellas herramientas que posibilitan ser un usuario eficiente del programa.

El taller es parte del programa de cursos de especialización del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, que extenderá un certificado de aprovechamiento del mismo para aquellos/as alumnos/as que superen los objetivos marcados.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (http://elearning.gbif.es/). Combinaremos la impartición de vídeo tutoriales donde, en vídeos muy cortos, explicaremos paso a paso, desde las primeras operaciones con el programa como la gestión de archivos, a los rudimentos del análisis estadístico, la programación para trabajar de manera eficiente o los estilos más modernos de trabajo en el entorno R.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 13 de septiembre de 2021.
  • Publicación de lista de alumnos en la página web del taller el 16 de septiembre de 2021. Debido al enorme volumen de solicitudes recibidas para este taller, la fecha de publicación del listado de alumnos/as se retrasa hasta el 21 de septiembre de 2021.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los/as alumnos/as admitidos/as para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 26 de septiembre de 2021*.

*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Proceso de selección: Las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones y países interesados, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Requisitos técnicos del taller: Disponer de un ordenador con al menos 4 GB de memoria RAM. Si existen estudiantes del curso que trabajen en entornos Linux o Mac, rogamos contactar con los docentes (jano@rjb.csic.es) para facilitar las instrucciones de cómo instalar los programas R y Rstudio en sus plataformas.

Conocimientos previos: Este curso está concebido para personas sin conocimientos previos de R o con muchas lagunas. Sin embargo, puede aportar conocimientos a personas interesadas en aprender programación o escritura eficiente de código.

— evento realizado, materiales disponibles —

Programa

Módulo 0: PRESENTACIÓN DEL CURSO

  • Presentación del profesorado.
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

Módulo 1: INTRODUCCIÓN

  • Qué es R.
  • Instalación de R.
  • Instalación de R Studio.
  • Partes de R: consola y primeros comandos.
  • Funciones y objetos en R.
  • Partes de R Studio.
  • Optimización de R Studio.
  • Bajada de paquetes.
  • Otras herramientas GUI.

Módulo 2: MANEJO DE DIRECTORIOS

  • Uso de carpetas y ubicaciones.
  • Creación de ficheros y objetos.
  • Empezar con el caso de estudio.

Módulo 3: TIPOS DE OBJETOS

  • Introducción a los tipos de datos y estructuras.
  • Vectores y operaciones con vectores.
  • Matrices.
  • Marcos de datos.
  • Listas y arrays.
  • Operaciones con texto.
  • Otros tipos.

Módulo 4: MANIPULACIÓN DE OBJETOS

  • Operaciones básicas para conocer los objetos.
  • Operaciones de un tipo de dato a otro.
  • Transformación en marcos de datos.
  • Innovaciones en R (tidyverse).
  • Optimización del código mediante el tidyverse.

Módulo 5: GRÁFICOS BÁSICOS

  • Gráficos del paquete básico.
  • Otras operaciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 6: GGPLOT

  • Filosofía de ggplot.
  • Operaciones básicas de ggplot.
  • Boxplots.
  • Histogramas y densidad.
  • Scatterplots.
  • Barras, etc.
  • Trucos.
  • Leyendas, etiquetas, posiciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 7: PROGRAMACIÓN EFICIENTE

  • Introducción a la programación y justificación.
  • Bucles for.
  • Bucles while.
  • Condicionales if else.
  • Resolviendo problemas de las simulaciones.
  • Creación de funciones I.
  • Creación de funciones II.
  • Funciones de la familia apply.

Módulo 8: RECURSOS EXTERNOS

  • Ayuda de R.
  • Stack overflow.
  • GitHub.

Módulo 9: PUBLICACIÓN CON R

  • Introducción a R markdown.
  • Generación de trozos de código.
  • Operar con imágenes.
  • Operar con tablas.
  • Operar con índices.
  • Otros tipos.

Módulo 10: INTRODUCCIÓN A LA ESTADÍSTICA

  • Visión general de la estadísitca en R.
  • Primeros pasos de la estadística básica en R.
  • Distribuciones.
  • Obtención de algunos parámetros de los modelos.
  • Estadística no paramétrica.
  • Introducción a modelos más complejos.
  • Ejercicio guiado.

#tallerRonline2021

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Documents of Interest

Vídeos con las lecciones del taller (lista YouTube) Materiales completos utilizados durante el taller (SCORM)

List of participants

  • Nº Name Organization
  • 1 Patricia Abadía Torrecilla Gobierno de Aragón
  • 2 Rafael Alcalá Herrera Estación Experimental del Zaidín (EEZ-CSIC)
  • 3 Cristina Alonso Moreno Instituto Español de Oceanografía - C.O. Murcia
  • 4 Manuel Arechavaleta Hernández Gobierno de Canarias
  • 5 María Jesús Ariza Molina Herbario de la Universidad de Sevilla
  • 6 Consolación Barciela Torres Universidad Pablo de Olavide
  • 7 Xavier Boldú Centre d'Estudis Avançats de Blanes (CEAB-CSIC)
  • 8 Carles Burguera i Martín Jardí Botànic Marimurtra
  • 9 Francisco José Cabezas Fuentes Universidad Complutense de Madrid
  • 10 Nuria Casado Coy Universidad de Alicante
  • 11 Miguel Cojan Burgos Instituto Español de Oceanografía - C.O. Cádiz
  • 12 Luciana María Cristobal Instituto de Biodiversidad Neotropical (CONICET-UNT) (Argeninta)
  • 13 Ana Carmen de la Cruz Calleja Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA)
  • 14 Silvia Denham Instituto de Botánica Darwinion-Conicet (Argentina)
  • 15 Sandra Milena Estrada Castillo Universidad del Magdalena (Colombia)
  • 16 Pau Fortuño Estrada Freshwater Ecology, Hydrology and Management (F.E.H.M.) Research Group - Universitat de Barcelona
  • 17 Esther Giménez Luque Centro de Investigación de Colecciones Científicas de la Universidad de Almería (CECOUAL)
  • 18 Beatriz González Domínguez Real Jardín Botánico Juan Carlos I
  • 19 Teresa Madurell Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC)
  • 20 Ignacio Minoli Observatorio de Biodiversidad del Bosque Atlántico (OBBA) Instituto de Biología Subtropical (IBS) - Nodo Iguazú - Unidad Ejecutora del CONICET (Argentina)
  • 21 Anna Nebot Escrigues Jardí Botànic Universitat de València
  • 22 Silvia Oliva Pérez Universidad de La Laguna
  • 23 Alba Ortega Segalerva Museu de Ciències Naturals de Barcelona
  • 24 Tomás Rodríguez Riaño Universidad de Extremadura
  • 25 Laura Royo Marí Taib-medgardens-IMEDEA
  • 26 María Luisa Rubio Teso Universidad Rey Juan Carlos
  • 27 Paula Yesenia Salinas Bossa Universidad Distrital Franciso José de Caldas (Colombia)Sánchez Guzmán
  • 28 Jessica Nathalia Sánchez Guzmán Universidad Tolima (Colombia)
  • 29 María del Rosario Sempere Rodríguez Estación Biológica de Doñana (EBD-CSIC)