Taller GBIF.ES: Bases de datos de colecciones y GenBank

Descripción:

El avance de los estudios de biodiversidad de la mano de las técnicas moleculares y nuevos enfoques ecológicos en tiempos recientes ha sido espectacular. Sin embargo, la falta de procedimientos y prácticas para hacer las conclusiones de estos estudios revisables, pone en cuestión la solidez y validez científica de los mismos en muchos casos. En este contexto, la importancia de los ejemplares de colecciones como pilar del método científico en estos estudios es cada vez más reconocida y aceptada. Esta situación es una oportunidad para las colecciones, si al publicar sus datos en línea lo hacen con enlaces al GenBank y si colaboran con los repositorios de GenBank para que desde los mismos se enlacen a los ejemplares de respaldo. El cómo hacerlo es el objeto de este taller.

Programa

Martes 25 de marzo de 2014

09:30 - 10:00

Bienvenida e introducción al curso
GBIF y la información primaria sobre biodiversidad

10:00 - 11:00

Qué es el GenBank - Isabel Rey (MNCN)
Qué son las colecciones de tejidos y ADN - Isabel Rey (MNCN)

11:00 - 11:30 Pausa café

11:30 - 13:30

El papel de las colecciones de historia natural en los estudios moleculares - María Paz Martín (RJB)
La iniciativa "Barcode of Life" y las colecciones - Francisco Pando (GBIF.ES)

13:30 - 15:00 Pausa comida

15:00 - 17:00 (30' para café)

Implicaciones para las colecciones. Muestreos destructivos
- Principios generales y colecciones botánicas - Mauricio Velayos (RJB)
- Aspectos específicos de las colecciones zoológicas – Isabel Rey (MNCN)
Debate: el tema de los materiales testigo, su citación: buenas y malas prácticas

Miércoles 26 de marzo de 2014

9:30 - 11:00

Las bases de datos del GenBank (presentación estructura, información que contiene, identificadores) - Francisco Pando (GBIF.ES)
Cómo tratar la información molecular en las colecciones de HN y sus implicaciones en los procedimientos de trabajo y sus bases de datos - Isabel Rey (MNCN) y Francisco Pando (GBIF.ES)

11:00 - 11:30 Pausa café

11:30 - 13:00

Cómo colaborar con GenBank para enlazar la información de las secuencias con las bases de datos en línea de las colecciones - Francisco Pando (GBIF.ES)

13:00 - 13:30 Discusión final, evaluación y cierre del taller

Documentos Adjuntos

Documentos de Interés

01.- Guión de prácticas (.docx) 02.- Ejemplo tabla linkout.mdb (.zip) 03.- Archivo MAFungiAccessions.ft (.zip) 04.- Archivo MAFungiGenbank.ft (.zip)

Listado de Participantes

Nº Nombre Organización
1 Alberto Herrero Nieto CSIC-Real Jardín Botánico
2 Ana Lumbreras Corujo Universidad de Evora - Portugal
3 Begoña Sánchez Chillón Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)
4 Carlos Jaime Moreno Casado CSIC-Real Jardín Botánico
5 David García San León Universidad de Santiago de Compostela, Laboratorio de Botánica, Fac. Farmacia. [Herbario]
6 Eulàlia García Franquesa Museo de Ciencias Naturales de Barcelona (MCNB)
7 Joaquina María García Martín CSIC-Real Jardín Botánico
8 Elena López Errasquin Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC, Madrid)
9 Emilio Cano Cabezas CSIC-Real Jardín Botánico
10 Eva García Ibáñez CSIC-Real Jardín Botánico
11 Jacinto Benhadi Marín Centro de Investigação de Montanha - Instituto Politécnico de Bragança - Portugal
12 Javier Fernández López CSIC-Real Jardín Botánico
13 Jean Mattos Reaño Museo de Historia Natural de Lima - Perú
14 María Concepción Baranda Ortiz CSIC-Real Jardín Botánico
15 María Jesús Ariza Molina Universidad de Sevilla, Dpto. Biología Vegetal y Ecología. [Herbario]
16 Margarita Dueñas Carazo CSIC-Real Jardín Botánico
17 Marta Calvo Revuelta Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)
18 Marta Fernández García CSIC-Real Jardín Botánico
19 Neus Nualart Dexeus Instituto Botánico de Barcelona (CSIC - Ayuntamiento de Barcelona) [Herbario]
20 Ramón García Cancela CENTRO OCEANOGRÁFICO DE MÁLAGA DEL INSTITUTO ESPAÑOL DE OCEANOGRAFÍA
21 Rosa María Ros Díaz SERVET Formación CB
22 Rosario Noya Santos CSIC-Real Jardín Botánico
23 Sergio Montagud Alario Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva